全世界約有1%人吃了麩質食物後會產生麩質過敏的問題，稱為乳糜瀉（celiac disease）或麩質敏感性腸疾（gluten-sensitive enteropathy），一種自體免疫疾病。患有此種疾病的人，因帶有特定基因，免疫細胞可與gliadin結合產生反應，當患者吃入含麩質的食物，會引起腸道中不良的免疫系統反應進而造成腸道絨毛的損傷，出現腹瀉、腹部疼痛、腹脹、體重減輕、關節或骨骼疼痛、疲勞及貧血等多種臨床症狀，長期可能會導致營養素如：核黃素、維生素B12 、葉酸、菸鹼酸、維生素D、鈣、鐵、鋅、鎂、熱量、蛋白質、纖維素等的缺乏，並增加發生骨質疏鬆、生長遲緩、身材矮小等風險，所以乳糜瀉患者要避免麩質食品。